根据国务院学位委员会下发的金融硕士等专业学位设置方案，有关专业学位研究生教育指导委员会组织专家制定了《药学硕士专业学位研究生指导性培养方案（试行）》，该指导性培养方案如下：
一、培养目标和基本要求
（一）培养目标
培养掌握马克思主义基本原理和中国特色社会主义理论体系，具有良好的政治素质和职业道德，在药物技术转化、临床使用、监管与生产流通等应用领域的高层次、应用型药学专门人才。
（二）基本要求
掌握药学及相关学科专业知识，具有较强技术创新能力和解决实际问题能力，能利用所学知识解决问题，胜任本领域的实际工作。
二、招生对象
具有国民教育序列大学本科学历(或本科同等学力)人员。
三、学习方式与年限
采用全日制和非全日制两种学习方式，学习年限一般为2-3年。
四、培养方式
坚持理论与实践结合、在实践中学习的原则。建议采用培养单位与实践部门合作培养的模式。鼓励采取双导师制，即在校内和实践单位分别聘任研究生指导教师。校内导师负责指导研究生课程学习和培养全过程协调，实践单位导师负责指导研究生实践活动，校内导师与实践单位导师按照集体培养的方式，根据本专业培养方案的要求以及每个研究生的具体情况，制订培养计划，定期检查实施情况。导师由培养单位相关学科和实践部门的高级专业技术职务或相应行政职务人员担任。
五、课程设置
实行学分制，总学分不少于24学分。
（一）公共课（4-5学分）
国家规定的相关公共课程，如政治理论课、应用英语等课程。
（二）通识理论知识（6-8学分）
从事药学工作应具备的通用理论知识及药学前沿科学技术知识，如药事法规、药典、药学前沿等课程。
（三）领域专业知识（6-8学分）
从事本领域技术工作应具备的专业知识，如新药设计、药物滥用与不良反应监测、药物经济学等不同领域的专业知识。
（四）职业培训知识（4学分）
与执业药师资格相衔接的理论知识，如药学综合知识与技能的培训等课程。
（五）实习实践（4学分）
研究生须在培养单位指定的实践单位进行实践学习，并完成学位论文研究工作。实习实践时间一般不少于1年。六、学位论文
学位论文选题要紧密结合药学及相关领域科技转化、注册与申报、生产与技改、推广与流通、药学服务及药品监管等实际问题，注重针对性、实用性。学位论文可以是针对药学实践领域具有一定经济和社会效益的专题研究等。
七、学位授予
完成课程学习和实习实践等培养环节，取得规定学分，并通过学位论文答辩者，经学位授予单位学位评定委员会审核，授予药学硕士专业学位。